Di dalam penyelenggaraan sertifikasi halal terdapat lembaga yang mengatur tentang pelaksanaannya, lembaga tersebut adalah BPJPH yang merupakan kepanjangan dari Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal). BPJPH berada di Kementerian Agama Republik Indonesia, Jadi apabila saudara berdomisili di suatu daerah, misalnya saudara tinggal di Kabupaten Malang, dan saudara ingin berkonsultasi tentang pengurusan sertifikat halal, maka saudara bisa mengunjungi kantor kementerian agama kabupaten Malang untuk berkonsultasi tentang pengurusan sertifikat halal. Karena mereka adalah BPJPH di wilayah kabupaten Malang. Begitu juga dengan daerah lain di seluruh Indonesia.
Adapun tugas daripada BPJPH sesuai dengan peraturan pemerintah nomor 39 tahun 2021 dan Undang undang nomor 33 tahun 2014 sebagai berikut :
- Merumuskan dan menetapkan kebijakan Jaminan Produk Halal
- Menetapkan norma, standar, prosedur dan kriteria jaminan produk halal.
- Menerbitkan dan mencabut sertifikat halal dan label halal pada produk
- Melakukan registrasi sertifikat halal pada produk luar negeri.
- Melakukan sosialisasi, edukasi dan publikasi produk halal
- Melakukan akreditasi kepada LPH.
- Melakukan registrasi auditor halal.
- Melakukan pengawasan terhadap Jaminan Produk Halal.
- Melakukan pembinaan auditor halal.
- Melakukan kerjasama dengan lembaga dalan dan luar negeri di bidang penyelenggaraan jaminan produk halal.
Berdasarkan uraian tugas dari BPJPH di atas, maka Badan penyelenggara jaminan produk Halal (BPJPH) mempunyai wewenang untuk menerbitkan dan mencabut sertifikat halal dan label halal pada produk UMKM ataupun perusahaan. Adapun BPJPH melakukan pencabutan sertifikat halal dan label halal apabila ditemukan ketidaksesuaian dari penerapan sertifikat halal pada produk UMKM ataupun perusahaan. Misalnya perusahaan di dalam daftar bahan baku yang diajukan untuk memperoleh sertifikat halal, sama sekali tidak terdapat bahan dari babi, ternyata setelah berjalannya produksi, Perusahaan tersebut mengalami kekurangan biaya sehingga perlu untuk mengganti bahan baku yang digunakan lebih ekonomis dengan bahan dari babi. Tanpa melakukan koordinasi kepada LPPOM MUI atau BPJPH di daerahnya. Akibatnya perusahaan mendapatkan teguran dari BPJPH bahkan bisa mendapatkan sanksi pencabutan sertifikat dan label halal yang dimiliki oleh produknya.
Badan penyelenggara jaminan produk halal juga mempunyai wewenang untuk menerima registrasi (pendaftaran) sertifikasi produk halal baik dari dalam negeri atau dari luar negeri. Badan penyelenggara jaminan produk halal juga berkewajiban untuk melakukan sosialisasi, edukasi dan publikasi produk halal kepada masyarakat.
